所得証明書は、いつの所得を証明するのですか？

市県民税は前年分（1月から12月）の所得に応じて課税されますので、証明の年度と対象となる収入のあった年は1年ずれることになります。
例えば、平成28年度の所得証明書では、平成27年分（平成27年1月から12月まで）の所得を証明します。