飛島は酒田市の北西方向に39km、遊佐町吹浦から西に30kmの日本海上に位置します。
地球上では、アメリカのワシントン、ポルトガルのリスボンと、ほぼ同じ緯度にあります。氷河期の氷が溶けた海面の変化は、飛島の地形にも大きな影響を与えました。
本島は50m以上、40m、20m、5mの段丘、海岸低地面、海蝕台からなり、ほぼ扁平な台地上です。
周囲を優勢な暖流（対馬暖流）が流れているため、県最北に位置するにもかかわらず、年平均気温は12℃以上と最も高く、積雪も10cmに達することはまれで、島は一年中タブノキやヒサカキなどの常緑広葉樹に覆われています。
海流は暖かな気候のほかにも、ハングル文字入りプラスチックの空容器や植物の種などいろいろなものを運んで来ます。

飛島では、今から7千年前の縄文時代の遺物が発見されています。
飛島にある遺跡の特色は、青森などの北方系と南方系が混在するところにあり、その時代から飛島は重要な文化の交流地点だったことがうかがえます。
平安時代の末期までは奥羽の豪族安部清原等の勢力下におかれ、その後由利、武藤、最上、酒井とうつり、都島、渡島、別れ島、鶴路島、潮島、豊島、とど島と本島の名称も変わり、江戸時代初期に現在の飛島という名称になりました。

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