市・県民税には、所得割と均等割というものがあります。
所得割とは、所得の多さに準じて税率をかけて算出するものです。質問の方のように所得より控除のほうが多い方にはかかりません。
均等割とは一定の金額を均等に広く負担していただくもので、所得控除の多寡にかかわらず、一定以上の所得がある方に課税されます。あなたの場合もこの均等割が課税されていると思われます。

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